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Hyper-V マネージャーを見ていたら、身に覚えのないチェックポイントがあるのを発見。
見ての通り、チェックポイントが削除できません。このチェックポイントは、SCDPM サーバーがバックアップ時にとっているものだと容易に推測できました。

なんだこれと思い、SCDPM サーバー側でバックアップ対象から外してみたけど、チェックポイントは消えない。
調べてみると、
You can't delete a recovery checkpoint for a virtual machine in Data Protection Manager
Data Protection Manager で仮想マシンのリカバリのチェックポイントを削除することはできません。
なるサポート情報を発見しました。
今回は、Windows Server 2019 Hyper-V を使っているため、Windows Server 2012 R2に対する修正プログラムでは、解消しません。
ということで、
You can't delete a recovery checkpoint for a virtual machine in Data Protection Manager
Data Protection Manager で仮想マシンのリカバリのチェックポイントを削除することはできません。
に記載されている、Hyper-V マネージャーの「ディスクの編集」を用いてチェックポイントを削除することにします。実際には、
Manually Merge .avhd to .vhd in Hyper-V

最適化で、差分ディスクが消えるわけないか。。。さてさてとなると、PowerShell を使うしかない。
Merge-VHD
Merge differencing disks (AVHD/AVHDX) to boot Hyper-V machine after restoring to files from Hyper-V datasource
Merge AVHDX Hyper-V Checkpoints
を参考にします。
Merge-VHD -Path .\127GB_A77CEB9C-4253-42E8-8C6A-525E53E809CD.avhdx -DestinationPath .\127GB.vhdx
AVHDXファイルは、消えました。が、.mrt とか .rct は残っているな。
(当該仮想マシンには、仮想ハードディスクがあと5個あるのでそちらも併せて対応します)

Removing Backup Checkpoint in Hyper-V That Has No Delete Option
を参考に、チェックポイントの削除を試みます。

うまくスナップショットが消えていない仮想マシンは、
謎のスナップショット
を参考にして、新しスナップショットを作成し、それをエクスポートする形で対応してみます。
仮想マシンフォルダーも削除しておきます。
エクスポートした仮想マシンをもとのフォルダーに戻します。
(ちなみに、RAIDなHDDから、RAIDなSSDへ戻します)
完全に治りました!
結論
SCDPM のバックアップがらみで、Hyper-V のチェックポイントが消せないと思ったら、
Get-VMSnapshot -ComputerName pet320 -VMName g2ws2019s2d01| Remove-VMSnapshot
的な削除がお勧めです。
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